Ngay sau khi nhận được tin bão khẩn cấp cơn bão số 4 do TTKTTV cung cấp có ảnh hưởng đến Thành phố Hà Nội, được sự chỉ đạo của Ban chỉ huy PCLB&TKCN Thành phố, Sở Xây dựng, Ban chỉ huy PCLB Công ty TNHH Nhà nước một thành viên Thoát nước Hà Nội đã triển khai quán triệt đến tất cả các bộ phận, phòng ban, các đơn vị trong việc tổ chức ứng trực phòng chống bão theo kế hoạch thoát nước mùa mưa năm 2009 và phương án PCLB tại các công trình trọng điểm Cống qua đê Yên sở, Hải Bối (Bắc Thăng long-Vân Trì). Ngay từ 10h00 ngày 12/7/2009, 100% lực lượng cán bộ công nhân viên Công ty đã có mặt tại hiện trường để triển khai các công việc: Hạ mực nước trên hệ thống bằng bơm cưỡng bức, đóng cọc căng dây cảnh báo nguy hiểm khi nước dâng trên hệ thống mương sông hở, tập trung lực lượng, vật tư, thiết bị, máy móc tại các công trình trọng điểm (cống qua đê Yên sở, Hải Bối), dàn xe thiết bị cơ giới được bố trí tại các vị trí có khả năng úng ngập, đập Thanh liệt mở để đưa nước ra sông Nhuệ. Lực lượng công nhân được bố trí tại các vị trí có khả năng úng ngập đã được dự báo và tại các khu vực, vị trí tiếp giáp giữa khu vực Hà Nội cũ và Hà Nội mở rộng (lưu vực tả sông Nhuệ). 
Do cường độ mưa không lớn, thời gian mưa kéo dài cùng với sự chủ động của Công ty nên với trận mưa do ảnh hưởng của cơn bão số 4 trên địa bàn Thành phố không có điểm úng ngập.
Theo thông báo của TTKTTV do ảnh hưởng của hoàn lưu sau bão, trên địa bàn tiếp tục có mưa bổ sung và khả năng diễn biến của trận mưa còn phức tạp (dự báo tổng lượng mưa trong ngày là từ 100 đến 150mm), vì vậy, Công ty vẫn đang triển khai công tác ứng trực và vận hành trạm bơm Yên Sở và các trạm bơm cục bộ khác hạ mực nước trên hệ thống để chủ động đối phó và xin được báo cáo kịp thời diễn biến của trận mưa ngay khi mưa tạnh.